При передаче данных по многополосным каналам используется принцип чередования или "разборки данных" (data stripping): каждый последующий байт передается по другой полосе. В случае канала x2 это означает, что все четные байты передаются по одной полосе, а нечетные - по другой.
Как и большинство других высокоскоростных последовательных протоколов, PCI Express использует схему кодирования данных, встраивающую тактирующий сигнал в закодированные данные, т.е. обеспечивающую самосинхронизацию. Применяемый в PCI Express алгоритм 8B / 10B (8 бит в 10 бит) обеспечивает разбиение длинных последовательностей нулей или единиц так, чтобы приемная сторона не потеряла границы битов. С учетом кодирования 8B/10B пропускную способность однополосного канала PCI Express можно оценить, как 2500 Мбит/с / 10 бит/байт = 250 мегабайт/с (238 Мбайт/с).
PCI Express обеспечивает передачу управляющих сообщений, в том числе прерываний, по тем же линиям данных. Последовательный протокол не предусматривает блокирование, поэтому легко обеспечивается латентность, сопоставимая с PCI, где имеются выделенные линии для прерываний.